
拜谱生物正式推出基于化学蛋白质组学的衣康酸性反应表达蛋清组学产品,实现1000+深奥度体现位点检测出,相对稳定再现有趣靶点,全八卦方位生信讲解解析靶点蛋白功能信息,发现新靶点,并提供从“出现”到“安全验证”全步奏保障,为深度理解衣康酸及其衍生物在不同疾病研究中的作用机制提供重要依据。
PART 1
01、实验报告具体步骤
02、测评数据库
03、经“点”再次出现
在实际数据分析中,检测出多参考文献中新闻报道的有趣靶点简答衣康酸突显位点,如首位个被得知的衣康酸共价突显核蛋清KEAP1,也有糖酵解信号通路中的3个首要酶如LDHA、GAPDH、ALDOA,以其炎性小体根据核蛋清NLRP3和细胞膜死亡过程中中的首要核蛋清RIPK3等,其质谱图给出图下图。
04、物品特质
1.诸多质控
商业区化炎症因子聊天测试探针孵育、SDS-PAGE在线查重、WB手机验证、样例相关度深入分析等几方向位置在线查重,确保安全投资项目报告靠普性。2.高功能质谱实验室设备手机平台
在Orbitrap Astral全新一批高判断质谱仪加持咒下,进行衣康硝化作用突显位点及淀粉酶司法鉴定新厚度,帮助有效研究方案新看到。3.全流程图站台式工作
由于拜谱菌物落实的实验报告公司,可提供数据“细胞核培育→电极孵育→WB探测→玄之又玄度衣康过酸绘制探测→独有的生信定性分析→目标位点PRM核验”全过程贴心服务,省时省事更又省心。05、讲解方式(大部分)
06、拜谱生物朝向
PART 2、论文参考文献分享和交流
期刊论文一
英文版大标题:Chemoproteomic profiling of itaconation by bioorthogonal probes in inflammatory macrophages(Journal of the American Chemical Society,Q1,2020)
常常一级标题:炎症巨噬细胞中生物正交探针的化学蛋白质组学分析
调查相关内容:本研究首次报道了基于衣康酸类似物OI,设计合成了适用于活细胞标记的衣康酸生物正交探针(ITALK),并实现了对炎症巨噬细胞中衣康酸修饰位点的直接鉴定。共鉴定出862个衣康酸化蛋白、1131个半胱氨酸位点,且存在18个赖氨酸和8个组氨酸的衣康酸修饰。这些修饰底物中包括了许多参与到炎症免疫响应和宿主防御相关调节通路中的关键蛋白,例如炎性小体、信号转导、转录和细胞死亡相关蛋白,暗示衣康酸可通过调节多种通路来影响巨噬细胞功能。作者们选取了几个新发现的修饰蛋白BRI3B、WIPI3和RIPK3并通过点突变实验对其修饰位点进行了验证。本研究为理解衣康酸在巨噬细胞炎症反应中的作用机制提供了丰富的数据支持。
(图源:Qin, Wei et al.,J Am Chem Soc. 2020)
论文资料二
因为标题文字:4-Octyl itaconate restricts STING activation by blocking its palmitoylation(Cell Reports,Q1,2023)
中文字幕微信标题:4-辛基衣康酸通过阻断STING蛋白棕榈酰化来抑制其活性
探索介绍:cGAS-STING轴在防御外来病原体和维持免疫稳态中起着至关重要的作用。虽然在了解巨噬细胞活化过程中发生的代谢变化方面已经取得了实质性的进展,但对这些代谢变化如何影响cGAS-STING轴却知之甚少。在这项研究中,作者确定衣康酸的衍生物4-辛基衣康酸(4-OI)抑制cGAS-STING的激活。此外,作者发现4-OI抑制cGAS-STING相关的抗病毒免疫反应和自身免疫性炎症。然而,作者发现内源性衣康酸不影响cGAS-STING激活,表明4-OI和衣康酸的功能不同。从机理上讲,研究发现4-OI直接烷基化STING上的Cys91,阻断STING棕榈酰化和寡聚化。4-OI对STING的烷基化代表了STING的另一种翻译后修饰(PTMs)。该研究的发现揭示了cGAS-STING功能通过4-OI烷基化进行调节的机制,并为不同类型PTMs之间的串扰提供了见解。
(图源:Su, Chaofei et al.,Cell Rep. 2023)
PART 3、情况衍化难点
蛋白质的S-脂酰化(S-acylation)是指脂肪酸与半胱氨酸的巯基通过硫酯键相连。最典型的是棕榈酸,即S-棕榈酰化。催化这一反应的酶属于蛋白质酰基转移酶(protein acyltransferase,PAT)家族,含有DHHC(Asp-His-His-Cys)序列,所以称为DHHC-PAT。由于DHHC基序形成锌指结构域,因此编码这些酶的基因称为含锌指DHHC(zDHHC)。现已发现24种人类zDHHC基因,命名为zDHHC1- 24(无zDHHC10,有zDHHC11B)。这些zDHHC之间的底物亲和力和催化活性差异很大,其中zDHHC17和zDHHC13具备有强大的底物构建实力,而zDHHC3和zDHHC7具有高效的S-酰化作用。
S-棕榈酰化通过两步机制进行(如下图)。第一步是DHHC基序中的半胱氨酸残基被来自棕榈酰-CoA的棕榈酸酰化,形成酰基酶中间体,这一步通常称为自棕榈酰化。第二步是将棕榈酰基部分转移到蛋白质底物中的半胱氨酸巯基上。
(图源:Anderson, Alison M et al.,NPJ Breast Cancer. 2016)
值得一提的是,在拜谱生物体衣康酸性反应装饰组实测值数据显示中,发现zDHHC13有3个半胱氨酸残基被衣康硝化作用表达(下述图)。不妨设想,zDHHC13的半胱氨酸残基被衣康酸烷基化,影响其自棕榈酰化,进一步影响其靶蛋白的棕榈酰化,进而影响相应的生物学功能,为相关机制机理研究提供新思路。
PART 4、拜谱个人总结
为TCA重复中的中央细胞新陈分泌物,衣康酸转换细胞新陈分泌、免疫力检测系统和患病之間的互相效用,为的开展免疫力检测系统患病性患病给出了重复使用的开展营销策略。衣康酸构成中的亲电性α,β-不过剩羧酸构成能对球脂肪酸上的活力半胱氨酸残基对其进行烷基化掩盖(迈克尔加上化学反应),这一项翻泽后掩盖被分为“衣康酸掩盖(itaconation)”,随之作用球脂肪酸作用,调空免疫力检测系统回话和细胞新陈分泌方法,为多类患病口服药物技术创新给出新要点。拜谱生物作为国内领先的多组学公司,全新推出基于化学蛋白质组学的衣康酸性反应呈现核蛋白组学产品,在全流程高精密仪器和高特异性生物正交探针加持下,可实现高精度、高深度的一站式衣康酸化修饰组检测。另外,可搭配拜谱生物医学界完全参考值靶向药物细胞代谢组(QMT1000)或正能量代谢率转化靶向治疗代谢率转化组物品对衣康酸及其类似物进行靶向绝对定量检测。多组学强强联手,有助于深入理解衣康酸化修饰的功能及其调控机制,为疾病机制机理研究提供科学依据,从而在指导靶向药物设计、疾病治疗等方面创造无限可能。欢迎咨询!
对比医学文献
1. Qin W,Zhang Y,Tang H, et al. Chemoproteomic Profiling of Itaconation by Bioorthogonal Probes in Inflammatory Macrophages. J Am Chem Soc. 2020;142 (25):10894-10898. 2. Su C,Cheng T,Huang J, et al. 4-Octyl itaconate restricts STING activation by blocking its palmitoylation. Cell Rep. 2023;42 (9):113040. 3. Anderson AM,Ragan MA. Palmitoylation: a protein S -acylation with implications for breast cancer. NPJ Breast Cancer. 2016;2:16028.