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Microb Cell Fact | 遵义医科大学冯昆团队揭示无柄灵芝培养物产生灵芝酸的机制

发布时间：2024-07-25

三萜类化合物已显示信息出广泛的的微生物渗透性，收录抗良性肿瘤和抗虫毒效应。常见，三萜是根据甲羟戊酸方式分解的，并从纯天然树种和真菌孢子中领取。遵义医科大学冯昆团队在Microb Cell Fact（IF=6.4）上发表参考文献了名为“Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile”的论述参考文献。该论述感觉三萜类氧化物灵芝粉粉酸（GA）是采用液状体培训的无柄灵芝粉粉菌丝体中二萜15,16-二氢丹参酮I（DHT）的生物制品技巧转变导致的。借助转录组和球营养物质组学技巧进十步探索世界无柄野生野生灵芝菌丝体中DHT导致这两种野生野生灵芝酸（GA）的工作机制，并通过多个学技巧论文检测到的的差异性遗传基因和的差异性球淀粉酶，预测出DHT 生物制品技巧组成 GA 的渠道。拜谱生物提供了转录组测序和TMT定量蛋白质组学技术，为研究二萜生物转化为三萜提供了丰富的组学信息和候选基因。

文章名称：Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile（Microb Cell Fact，IF=6.4，2023.7）

客户单位：遵义医科大学

研究材料：无柄灵芝真菌菌丝体

拜谱提供技术：转录组测序、TMT定量蛋白质组学

研究结果

1.转录多组分析和基本功能等级分类

用对无柄灵芝粉真菌孢子菌丝体进行转录组测序共受到67230个转录本和14296个单dna。在许多单dna中，49俩被司法鉴定为异同体现dna（DEGs），当中213个体现上涨，279个体现调低（图1A）。GO怪物聚集剖析后，DEGs可分成怪物工作（BP）、组织癌细胞化学成分（CC）和分子的结构特点（MF）3类。在BP等级分类中，存在了前二个子等级分类：消炎药转换分解工作，醋酸钠盐分解工作和甲酸盐分解工作;而在CC等级分类中，组织癌细胞外区、突触塑料体、突触的结构是前二个亚类。我们对MF等级分类，甲酸脱氢酶（NAD）吸附性、氧化物重置酶吸附性和酸氨（或酰胺）链接酶吸附性是前二个亚等级分类（图1B）。在DEGs的KEGG卫星信号环路剖析中，前30条怪物聚集度最好的卫星信号环路中含27条是指分解，当中丁烷分解、乙醛酸盐和二羧酸盐分解、丙酸盐分解卫星信号卫星信号环路有效怪物聚集（图1D）。

图1|转录混合物析和基本功能分类管理

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

2. 蛋白质组定量分析和功能分类

用对无柄灵芝粉真菌孢子菌丝体做出核脂肪酸组学完成剖析，至少判断了16,457种特有肽、2606种核脂肪酸和2588种酶联免疫法核脂肪酸。在域值|FC|>1.2和p<0.05的建立条件下，在此2606种核脂肪酸中，94种被鉴定结论为一定的差别的表达出出核胆固醇（DEPs），但各举52种调涨，42种下降（图2A），图2C信息提示了一定的差别的表达出出核胆固醇的聚类算法完成剖析热图。从GO完成剖析定性了解，BP分类信息提示，大部份数DEPs参与者乙酸盐基础分泌具体步骤、抗菌药降解基础分泌具体步骤和类药物降解基础分泌具体步骤。CC类DEPs在组织受损細胞外区、过脱色物酶体和微体中的标准为比较高，脱色修复酶灵可溶性和甲酸脱氢酶（NAD）灵可溶性在MF类中DEPs的标准比较高（图2B）。与转录组的结果相同，KEGG通道完成剖析信息提示，无数DEPs在基础分泌中海洋生物体海洋生物体富集，但各举3条最海洋生物体海洋生物体富集的手段是光合海洋生物体中的碳固定不变、碳基础分泌和MAPK电磁波通道（图2D）。除此以外，用完成剖析GO数剧库的CC对DEPs做出亚组织受损細胞市场定位完成剖析和注音（图2E），DEPs大部分分布点在组织受损細胞质（40.66%）、组织受损細胞膜（17.58%）、线粒体（12.09%）和内质网（8.79%），的理论上是GAs海洋生物体人工的大部分位址。

图2|淀粉酶质组的一定量具体分析和模块证实

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

3.转录组和蛋白质组数据相关性分析，RT-qPCR验证

维持生计物流量转化和比较组获选DEGs和DEPs做成了维恩图，有20个差距理解人类DNA（图3A）。对转录组和蛋清质组中E组和C组各有的DEGs/DEPs做好聚类数据定量分析数据定量分析，察觉mRNA和蛋清质中有14个调整人类DNA和4个调低人类DNA，DEGs和它的翻译专业的DEPs理解水平方向呈正各种相关内容，应用于Pearson的各种相关内容比率数据定量分析，在转录组和蛋清质组中在线检测到相比较高的各种相关内容性（R = 0.87）（图3C）。实时荧光定量PCR（RT-qPCR）检查测量最后呈现，E组和C组17个DEGs的表现平行差距可观，至少9个为上涨DEGs，4个为下跌DEGs（图3D）。DEGs在RT-qPCR中的表现动向与转录酚类化合物析最后不一。

图3|蛋白酶质组的降钙素原检测解析和特点验正

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

拜谱小结

综上所述，该研究结果为真菌对天然产物的生物转化提供了新的见解，这将有助于开发更有效、更经济的方法，以方便的方式获得稀有的三萜。拜谱生物提供了转录组测序、TMT定量蛋白质组学转录组学技术，拜谱生物可提供完善成熟的转录组学、蛋白组学、代谢组学以及多组学联合产品技术服务体系。此外，拜谱生物推出的中药代谢组整体解决方案，基于更丰富、更专业的中药数据库，更高的数据质量、更优质的服务，可进行中药成分分析、中药入血/组织分析、网络药理学等分析，助力客户探索中药前言研究，欢迎致电咨询！

参考文献：Wang X, Wu H, Wong KH, Wang Y, Chen B, Feng K. Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile. Microb Cell Fact. 2023 Jul 28;22(1):139. doi: 10.1186/s12934-023-02156-5.

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